Узловыми территориями экорегионального значения является массив хребтов Крака (79, 260) и долина р.Б.Инзер (82) и Агидель (106).

Развитая долина р.Агидель представляет цепь узловых территорий экосекционного значения: болота переходного типа и водно-болотные комплексы в долине (п.п. Байсакалово - Карагужино - Махмутово) "Долина р.Белой в верхнем течении (88)", очаги биоразнообразия и места обитания особых видов - "Узяно-Кагинский участок Агидели (96)", "Нижнеавзянский участок Агидели (97)" (рис.41). Водоохранные леса в долине вырубались не столь интенсивно, как на водоразделах, что позволило выделить зону связанности "Долина р.Агидель в верхнем течении".

Сходные очаги биоразнообразия формируют узловые территории "Кана" и "Узян (108)". Очагом биоразнообразия экосекционного значения является вершина хребта Шатак, для сохранения которого целесообразно создание ландшафтного заказника "Шатак (81)".

Острова старовозрастных сосновых и сосново-мелколиственных лесов, сохранившиеся на пройденном рубками хр.Уралтау выделены как цепочка узлов по осевой части хребта: "Смешанные леса Уралтау (89)", "Гора Уткальташ (90)", "Хребет Кунтушмас (240)", "Гора Рястокташ (226)", "Гора Курташ (227)", "Гора Сатанташ (93)", "Гора Караташ", "Гора Тишикташ (94)", "Гора Круглая сопка (232)".

Фрагменты старовозрастных широколиственных лесов и криволесий на вершине хребта выделены как узловая территория "Гора Масим (110)".

В пределах Экосекции светлохвойных лесов центральной части Южного Урала существует два госзаповедника, один национальный парк, три заказника и двенадцать памятников природы, сохраняющих биоразнообразие.

Башкирский госзаповедник полностью защищает узловую территорию "Южный Крака (107)". Заповедник "Шульган-Таш" и Национальный парк "Башкирия" защищают около 50% узловой территории "Долина р.Агидель". Памятник природы "Листвинничники на г.Б.Шатак" защищает около 3% площади узловой территории "Шатак", памятник природы "Популяция лука косого в Серменевском л-ве" защищает около 3% площади узловой территории "Северный Крака", а памятник природы "Гора Арвяк-Рязь" - около 70% одноименной узловой территории. Остальные 23 узловые территории не имеют вообще никакого охранного статуса. Таким образом, в пределах экосекции из 174.022 га узловых территорий зарезервировано 44.019 га (25,3%).

В пределах Экосекции светлохвойных лесов центральной части Южного Урала ландшафт не включает антропогенно обусловленных барьеров. Зоной связанности регионального значения является весь лесной массив центральной части Южного Урала. Он сохраняется в рамках действующего лесного законодательства. В качестве дополнительной меры по резервированию требуется ограничить возможность строительства новых дорог с улучшенным покрытием, железных дорог, пересекающих лесной массив в пределах выделенных зон связанности регионального значения: "Северо-Восток Южного Урала", "Крыкты-Уралтаусская зона связанности", "Центр Южного Урала", "Запад Южного Урала", "Север Южного Урала", "Долина р.Агидель в верхнем течении".