Экологический каркас экосекции значительно трансформирован и представляет массивы квазиприродных сообществ - вторичных лесов и водно-болотных комплексов, образующих архипелаг крупных "островов", разбросанных в агроландшафте, однако в большинстве своем не потерявших связь и не изолированных друг от друга.

В пределах экосекции относительно наиболее высоким уровнем экосистемного и видового разнообразия характеризуются природные сообщества с преобладанием естественных экотонов (частое чередование открытых и облесенных пространств, водно-болотных, лесных и луговых комплексов): леса в поймах рек, густая урема и высокоствольные разреженные сосняки на аллювиальных террасах, пойменные озера и болота в понижениях, пойменные луга.

К таковым относятся территории в долинах рек Белая, Пизь, Быстрый Танып, Калтаса, Буй.

В пределах рассматриваемой экосекции очагом биоразнообразия экорегионального значения является водно-болотный комплекс в устье рр. Белая и Большой Ик в зоне подпора Нижнекамского водохранилища (общая площадь около 140.000 га, в границах Башкортостана - 41.500 га).

Очагами биоразнообразия экосекционного значения являются территории в долине р.Быстрый Танып, образованные сложной мозаикой старовозрастных пойменных ольховых и осокоревых лесов, низинных болот, влажных пойменных лугов: часть Калтасинского леса, часть Таныпского леса, три участка в долине р. Быстрый Танып, Кугарчинский лес.

Для экосекции выделено три типа уязвимых экосистем: старовозрастные хвойные и смешанные леса; верховые и переходные болота; водно-болотные комплексы в зоне подпора водохранилища.

Уязвимыми являются практически все типы старовозрастных коренных лесов. В результате рубок изменена естественная структура лесных сообществ. Наибольшую площадь занимают средневозрастные лесонасаждения и молодняки, часто монодоминантные. Видовой состав изменен в сторону преобладания мелколиственных и сокращения хвойных и широколиственных пород. Таким образом, в защите нуждаются все участки лесов, где в верхнем ярусе преобладают деревья старше 90-100 лет, площадью более 30 га, имеющие близкую к естественной видовую структуру и динамику древесных ярусов. Наиболее строгой охране подлежат участки леса без следов антропогенного воздействия. В том числе:

Уязвимой экосистемой экорегионального значения является водно-болотный комплекс в устье рр. Белая и Большой Ик в зоне подпора Нижнекамского водохранилища.

Уязвимые экосистемы экосекционного значения - старовозрастные хвойные и смешанные леса в пределах лесного массивов Калтасинский лес, Верхнеарейский лес, Долина р. Пизь, Тюйский лес; участки переходных болот - Новотатышское болото, Болота в долине р.Кунь.

В пределах Камско-Таныпской экосекции выявлено две территории сосредоточения местообитаний особых видов экорегионального значения. Это: (1) устьевая часть р. Белая, в зоне подпора Нижнекамского водохранилища; здесь гнездится не менее 3-4 пар большого подорлика, 2-3 пар орлана-белохвоста, 2-4 пар лебедя-шипуна; (2) часть территории Калтасинского леса, где обитает 2-4 пары большого подорлика, 1 пара черного аиста, 1 пара сапсана, 1 пара беркута, 1 пара скопы, 1 пара змееяда, более 5 пар серого журавля. Территориями экосекционного значения являются: верховья Кармановского водохранилища, болота в долине р.Кунь