Наиболее важной и значимой узловой территорией северной трети экосекции является участок "Бельская пойма (104)" между Бирском и Благовещенском и "Камышлинские болота (189)". Это очаг биоразнообразия международного значения, здесь расположены крупные фрагменты угрожаемых экосистем - пойменных водно-болотных комплексов, низинных и переходных болот, местообитания большого подорлика, филина, орлана-белохвоста, серого журавля, лебедя-шипуна (Cygnis olor), имеющие экорегиональное значение.

В центральной части экосекции узловые территории экосети образованы преимущественно очагами биоразнообразия в долинах крупных рек: "Ирныкшинские болота (33)", "Симско-Лемезинская пойма (34)", "Симская пойма у с. Казаяк (166)", "Новокулевские болота в пойме р. Уфа (207)", "Нижнелобовский лес (167)", "Нижнебелекесский лес (165)", "Пойменные болота р. Инзер близ с. Узунларово (30)", "Бирское болото (202)". Все данные территории образованы мозаикой пойменных лесов, низинных и переходных болот, иногда значительной площади - до нескольких сотен и тысяч гектаров, эти экосистемы также являются уязвимыми в данной экосекции. Кроме того, к ним привязаны местообитания большого подорлика и здесь находится ядро его предуральской популяции, также это места гнездования и предотлетных скоплений серого журавля.

Небольшие по площади участки верховых и переходных болот "Болото Сарысаз у с. Уразаево (55)", "Болото Муклисаз (56)", "Комплекс сфагновых болот у быв. д. Костылево (57)" также являются узловыми территориями региональной экосети. Они представляют наиболее уязвимые и угрожаемые типы экосистем, существующие здесь при высокой степени изоляции.

Фрагменты старовозрастных широколиственных лесов и очаги биоразнообразия на границе леса и каменистых степей по крутосклонам образуют узловые территории: "Чукудинский лес (201)", "Мишкинский лес (200)", "Бака-гора (163)", "Гора Змеиная и прилегающая пойма р. Сим (164)", "Хребет Магаш (31)", "Гора Харатау (192)", "Гора Зиргантау (169)", "Гора Янгудай (193)", "Хребет Малый Накас (188)". В большинстве эти территории являются местообитаниями беркута и скопы.

Очагами биоразнообразия являются крутые водораздельные склоны, покрытые каменистыми степями и различными (с преобладанием петрофитных) вариантами луговых и настоящих степей. В центральной части экосекции это "Охлебининские яры (168)", на юге - "Андреевские шиханы" (наиболее обширная территория, представляющая основные варианты петрофитных степей и фрагменты плакорных настоящих степей), "Гора Канонникова", "Гора Малиновая", "Гора Альян", "Остепненные склоны у с. Юлдыбаево (153)".

Забельская экосекция имеет два типа зон связанности регионального значения - лесные массивы и долины рек. Часто эти зоны граничат друг с другом.

Основной зоной связанности экосекции является "Долина р. Белой и притоков". Сюда входит развитая пойма р. Белой, пересекающей экосекцию с юга на север на протяжении около 300 км, а также часть долины рр. Сим, Зиган, Нугуш в нижнем течении. Аналогичной зоной связанности является "Долина р. Уфа", в которую входит около 75 км долины р. Уфа в нижнем течении. На юге экосекции расположена зона связанности "Долина р. Б. Ик". Все вышеперечисленные зоны связанности объединяют узловые территории регионального значения, расположенные в долинах рек: "Ирныкшинские болота (33)", "Симско-Лемезинская пойма (34)", "Симская пойма у с. Казаяк", "Новокулевские болота в пойме р. Уфа", "Нижнелобовский лес", "Нижнебелекесский лес", они граничат с такими узловыми территориями на водоразделах, как "Охлебининские яры", "Хребет Магаш [31]", "Бака-гора", "Гора Зиргантау", "Гора Харатау", "Гора Янгудай".

В восточной части экосекции расположены фрагменты обширных лесных массивов, заходящих с прилегающего Уфимского плато и горно-лесной зоны Южного Урала. Они представляют зоны связанности "Леса юга Уфимского плато", "Север Южного Урала", "Центр Южного Урала", "Запад Южного Урала".

В пределах Забельской экосекции существуют 24 памятника природы, в той или иной степени сохраняющих природное разнообразие экосекции. При этом существующие памятники природы не охватывают полностью ни одной узловой территории.

Около 3% территории узла "Мишкинский лес" занято памятником природы "Популяция лука косого в Мишкинском районе", около 2% территории узла "Бельская пойма" защищено памятником природы "Популяция редких растений в Благовещенском районе", около 5% территории узла "Охлебининские яры" входит в памятник природы "Скала Большой Толпак". Остальные 27 узловых территорий регионального значения не имеют статуса ООПТ. Таким образом, из 141.778 га выявленных в пределах экосекции узловых территорий защищено ООПТ 225 га (0,2%).

Зоны связанности в долинах рек на 80% совпадают с водоохранными зонами и участками лесов категории защитности "Запретные полосы лесов по берегам рек". Зоны связанности - лесные массивы на 20% совпадают с участками категории защитности лесов "Лесохозяйственная часть лесов зеленой зоны", "Защитные полосы лесов вдоль автодорог", "Защитные полосы лесов вокруг населенных пунктов", "Зона глухариных токов". В обоих случаях ограничения, предусмотренные статусом соответствующих ОПТ, не отражают основную функцию зон связанности - обеспечивать транзит вещества, энергии и информации между ключевыми природными территориями, так как недостаточно предохраняют от фрагментации зон связанности.

В качестве дополнительной меры требуется ограничить возможность строительства дорог с улучшенным покрытием, железных дорог и населенных пунктов, рассекающих зоны связанности. Должны быть подготовлены (обновлены) проекты водоохранных зон рек, в которых будут учтены функции зон связанности и минимизирована хозяйственная деятельность в долинах рек. Должны быть запрещены все сплошные рубки леса, любая гидромелиорация и гидростроительство (кроме противопаводковых мероприятий в границах населенных пунктов).