Экологический каркас экосекции хорошо сохранился. Антропогенно-трансформированные экосистемы, агро- и урбо-экосистемы представлены отдельными островами, соединенными линейными объектами инфраструктуры, погруженными в относительно малонарушенный ландшафт.

Очагами природного разнообразия Инзерско-Симской низкогорной экосекции являются природные комплексы, сложившиеся в долинах рек с примыкающими обрывистыми водораздельными склонами и прилегающей к ним небольшой частью водоразделов. Очаги биоразнообразия экосекционного значения расположены в долине р. Большой Инзер и в долине р.Лемеза.

Уязвимыми и угрожаемыми являются практически все типы старовозрастных коренных лесов: широколиственно-темнохвойные, широколиственные, елово-пихтовые с участием дуба и липы и др. В результате сплошных и приисковых рубок в западной части Южного Урала сильно изменена естественная возрастная структура лесных сообществ. Катастрофически сократились площади лесов с доминированием хвойных пород и дуба. Хвойно-широколиственные леса представлены, в основном, средневозрастными насаждениями. Должны быть обеспечены правовой защитой все участки лесов, в первом ярусе лесообразующей породы которых преобладают ель, пихта, сосна и дуб старше 90-100 лет, площадью более 50 га. Должны быть защищены массивы широколиственных и хвойно-широколиственных лесов площадью более 500 га, имеющие близкую к естественной видовую структуру и динамику древесных ярусов, в первом ярусе лесообразующей породы которых преобладают широколиственные (и/или хвойные) породы старше 100 лет. Наиболее строгой охране подлежат участки леса без следов антропогенного воздействия. Наибольшую природоохранную ценность в пределах рассматриваемой экосекции имеют темнохвойно-широколиственные леса сохранившиеся по осевой части хребта Зильмердак и хребта Аютузаклаган.

Уязвимы также болота верхового и переходного типов и водно-болотные комплексы в долинах рек.

Критерии отбора особых видов, выделения и ранжирования их мест обитания приведены в Таблице 5. В долинах рек Большой Инзер и Лемеза обитают беркут, сапсан, большой подорлик, филин, серый журавль, а на прилегающих водоразделах - скопа. Все перечисленные виды имеют высокую плотность и общую численность.