Инзерско-Симская низкогорная экосекция в пределах Республики Башкортостан насчитывает шесть узловых территорий, четыре из которых простираются за границы экосекции.

Узловые территории "Долина р. Лемеза (35)", "Долина р. М. Инзер (85)" и "Долина р. Б. Инзер (82)" представляют очаги биоразнообразия, включающие долину реки, прилегающие обрывистые водораздельные склоны и часть водораздела (подробное описание узловой территории "Долина р. Б. Инзер" см. в главе 5.10. Экосекция светлохвойных лесов центральной части Южного Урала).

Узловые территории "Смешанные леса на хр. Зильмердак (84)", "Хребет Аютузаклаган (83)", "Лемеза-Инзерское междуречье (36)" представляют острова старовозрастных темнохвойно-широколиственных лесов, а также массивы восстанавливающихся после рубок разного возраста широколиственно-темнохвойных лесов.

В пределах Башкирской части Инзерско-Симской низкогорной экосекции существует один государственный природный заповедник и один памятник природы. Общая площадь узловых территорий экосети составляет 41159 га (12,5% площади экосекции). Из них обеспечено правовой защитой 3002 га (7,3%). Южно-Уральский госзаповедник защищает 50% территории узла "Долина р. М. Инзер" и 10% территории узла "Долина р. Б. Инзер". Памятник природы "Водопад Атыш" защищает менее 1% территории узла "Долина р. Лемеза". Совершенно лишены территориальной охраны ООПТ три узла - "Смешанные леса на хр. Зильмердак", "Хребет Аютузаклаган", "Лемеза-Инзерское междуречье".

В пределах Инзерско-Симской низкогорной экосекции ландшафт не имеет антропогенно обусловленных преград. Зоной связанности регионального значения является весь лесной массив центральной части Южного Урала. Он обеспечен минимальной защитой в рамках действующего лесного законодательства. Как зоны связанности регионального значения выделены лесные массивы "Север Южного Урала" и "Запад Южного Урала". В качестве дополнительной меры по резервированию региональных зон связанности требуется ограничить возможность строительства новых дорог с улучшенным покрытием, железных дорог, пересекающих лесной массив.