Экологический каркас экосекции образован массивом преимущественно вторичных лесов с включениями населенных пунктов и инфраструктуры.

Очагами биоразнообразия Экосекции широколиственно-темнохвойных лесов Уфимского плато являются природные комплексы, сложившиеся в долинах рек с примыкающими крутыми материковыми склонами, бровками плато и частью водоразделов.

В пределах рассматриваемой территории очаги биоразнообразия экорегионального значения выражены на участках долин рек Уфа, Юрюзань, Ай.

Угрожаемыми являются все типы старовозрастных коренных лесов. В результате рубок на Уфимском плато изменена естественная структура лесных сообществ. Наибольшую площадь занимают средневозрастные леса и молодняки. Изменен видовой состав, в сторону преобладания мелколиственных и сокращения хвойных и широколиственных пород. Должны быть зарезервированы все участки лесов, первый ярус лесообразующей породы которых старше 90-100 лет, площадью более 10 га., имеющих близкую к естественной видовую структуру и динамику древесных ярусов. Наиболее строгой охране подлежат участки леса без следов антропогенного воздействия.

Угрожаемыми являются участки болот, большая часть которых, в исторический период подверглась мелиорации, торфоразработке.

Таким образом, территориями экосекционного значения являются участки лесов на хр.Каратау, водораздельные хвойно-широколиственные леса в Айско-Уфимском междуречьи, водораздельные хвойно-широколиственные леса и светлохвойные на склонах отдельными фрагментами сохранившиеся в бассейне р.Юрюзань и Караидель.

Полностью сохранившихся болот в пределах экосекции не обнаружено. Урочище Моховое болото частично подвергалось мелиорации, на части территории сохранился заболоченный сосняк - зеленомошник.

Мест обитания особых видов экорегионального значения в пределах экосекции не обнаружено. Местообитаниями экосекционного значения являются: долины рек Уфа, Ай, Юрюзань; урочище Моховое болото - местообитание беркута и дербника (Falco columbarius), Дуванский лес (131), Лес у с.Савельевка - места обитания могильника и беркута.