Наиболее важными узловыми территориями экосекции являются "Айско-Уфимское междуречье (118)", "Павловское водохранилище и р.Юрюзань (117)", Хребет Кара-Тау.

Первые две узловые территории представляют очаги биоразнообразия и фрагменты старовозрастных сосновых и темнохвойно-широколиственных лесов. Здесь находятся места обитания сапсана, филина, беркута экосекционного значения.

Хребет Кара-Тау ("Елово-пихтовые леса Уфимского плато (203)"), - эталонный лесной массив юга Уфимского плато, без следов рубок и другого значимого антропогенного воздействия. Представлены эталонные темнохвойно-широколиственные, светлохвойные сосновые с участием лиственницы леса с естественной оконно-вывальной динамикой древостоя. Это одна из наиболее ценных так же и с научной точки зрения природных территорий.

Небольшие фрагменты старовозрастных хвойно-широколиственных лесов, окруженные восстанавливающимися после рубок массивами, образуют узловые территории по южной и восточной периферии экосекции: "Северные отроги Кара-Тау (206)", "Кара-Тау (205)", "Гора Яршагаз (восточная часть хр.Кара-Тау)", "Лес у с.Савельевка (123)", "Урочище Лыканка (127)", "Лес у с.Тастуба (122)". Как это бывает в массивах вторичных лесов, пройденных сплошными рубками, фрагменты старовозрастных лесов являются местами обитания особых видов пернатых хищников - беркута, на границе с безлесными территориями - могильника.

Как сказано выше, разнообразие болот, сохранившихся на Уфимском плато до нашего времени на площади, значимой в масштабах экосекции, исчерпывается единственной узловой территорией "Урочище Моховое болото (121)".

Слабая фрагментированность экологического каркаса позволяет выделить в пределах экосекции три обширные зоны связанности: "Север Уфимского плато", "Центр Уфимского плато" и "Леса юга Уфимского плато". Данные территории на севере и юге выходят за пределы экосекции (и Республики Башкортостан в целом). Несмотря на интенсивные сплошные рубки, проводившиеся в лесах Уфимского плато последние 50-100 лет, обозначенные зоны связанности можно считать нефрагментироваными; мы предполагаем, что они продолжают выполнять транзитные и буферные функции между сохранившимися узловыми территориями.

Тринадцать узловых территорий занимают площадь 70998 га, что составляет 9,5% площади экосекции широколиственно-темнохвойных лесов Уфимского плато. Здесь существует один ландшафтный заказник и три памятника природы. Ландшафтный заказник "Хвойно-широколиственные леса Уфимского плато" включает в свой состав большую часть памятника природы "Река Яман-елга".

В пределах экосекции утвержденные ООПТ полностью резервируют три узловые территории: "Кара-Тау", реки Яман-елга и Сарва на площади 2462 га, что составляет 3,5% от площади всех узловых территорий экосекции. Остальные 10 узловых территорий регионального значения не имеют статуса ООПТ.

В пределах экосекции широколиственно-темнохвойных лесов Уфимского плато ландшафт не имеет антропогенно обусловленных преград и полностью проницаем. Зоной связанности регионального значения является весь лесной массив Уфимского плато. Он сохраняется в рамках действующего лесного законодательства. В качестве дополнительной меры по резервированию требуется ограничить возможность строительства новых дорог с улучшенным покрытием, железных дорог и других объектов инфраструктуры, пересекающих лесной массив в пределах трех выделенных зон связанности.