Экологический каркас экосекции наиболее сохранившийся во всем рассматриваемом регионе. Антропогенно-трансформированные экосистемы, агро- и урбо-экосистемы представлены отдельными островами, соединенными линейными объектами инфраструктуры в природном ландшафте.

Очагами природного разнообразия Ямантауско-Таганайской экосекции являются горные хребты с выраженной высотной поясностью, включая межхребтовые понижения с верховыми и переходными болотами, а так же развитые долины рек с прилегающими обрывистыми материковыми склонами. Очаги биоразнообразия экорегионального значения: Нары-Машакский узел биоразнообразия, Хребет Зигальга, Иремель-Авалякский узел биоразнообразия.

Угрожаемыми являются все типы высоковозрастных лесов: темнохвойные елово-пихтовые леса, сосново-лиственничные, смешанные хвойные с участием липы. Угрожаемы естественные изоляты горных тундр на вершинах хребтов, а так же болота верхового и переходного типов.

Угрожаемые экосистемы экорегионального значения выявлены в пределах пояса темнохвойных и смешанных лесов хр.Иремель-Аваляк (13 900 га) и хр.Зигальга (12 700 га - большая часть находится на территории Челябинской области). Угрожаемые экосистемы экосекционного значения выявлены в пределах среднегорного пояса и пояса темнохвойных лесов: хребты Машак, Нары, Кумардак, г. Ямантау, г. Б. и М. Иремель; среднегорного пояса: хребет Ялангас (1200 га), Тюлюкское болото, Машакское болото.

Мест обитания особых угрожаемых видов экорегионального значения в пределах Ямантауско-Таганайской экосекции не обнаружено. Местами обитания экосекционного значения является Журавлиное болото (2-4 пары серого журавля, 1 пара черного аиста, 1 пара большого подорлика).