В пределах Республики Башкортостан находится 6 узловых территорий, общей площадью 132804 га, что составляет 47% рассматриваемой площади экосекции. Наиболее обширная и сохранившаяся территория экосекции и всего рассматриваемого региона - "Нары-Машакский узел природного разнообразия (77)". Он полностью зарезервирован в границах Южно-Уральского госзаповедника и его описанию посвящено значительное количество научных публикаций. Относительно небольшие узловые территории: "Хребет Ялангас (87)" - фрагменты старовозрастных темнохвойных лесов; "Журавлиное болото (86)" - фрагмент верхового болота и массив мелиорированного верхового болота, место обитания беркута, черного аиста, серого журавля. Две узловые территории "Долина р.М.Инзер" и "Долина р.Б.Инзер" представляют очаги биоразнообразия, включающие долину реки, прилегающие обрывистые материковые склоны и часть водораздела.

В пределах Ямантауско-Таганайской экосекции ландшафт не имеет антропогенно обусловленных преград. Зоной связанности регионального значения является весь лесной массив центральной части Южного Урала. Мы выделяем две зоны связанности: "Север Южного Урала" и "Северо-восток Южного Урала", в пределах которых полностью отсутствуют населенные пункты и значимая инфраструктура.

В пределах Башкирской части Ямантауско-Таганайской экосекции существует один госзаповедник, один гидрологический заказник и памятник природы. Южно-Уральский госзаповедник на 95% защищает "Нары-Машакский узел природного разнообразия" и полностью - узловые территории "Долина р.М.Инзер" и "Долина р.Б.Инзер", "Хребет Зигальга". Памятник природы "Гора Иремель" и заказник "Уралтау" на 70% защищают "Иремель-Авалякский узел природного разнообразия". Абсолютно без территориальной охраны остаются два узла: "Хребет Ялангас (87)" и "Журавлиное болото". Таким образом, Ямантауско-Таганайская экосекция является наиболее обеспеченной утвержденными ООПТ во всем рассматриваемом регионе. Зарезервировано 72,8% площади узловых территорий - 96665 га.

Выделенные как зоны связанности лесные массивы "Север Южного Урала" и "Северо-восток Южного Урала" сохраняются в рамках действующего лесного законодательства. В качестве дополнительной меры по резервированию требуется ограничить возможность строительства новых дорог с улучшенным покрытием, железных дорог, пересекающих лесной массив.