Экологический каркас экосекции неравномерно трансформирован: в центральной части массивы квазиприродных сообществ образуют сильно расчлененную сеть в агроландшафте, в восточной же части лесные массивы покрывают более 60% территории.

Очаги биоразнообразия Кунгурско-Айской экосекции - природные комплексы, сложившиеся в долинах рек, на водораздельных склонах, бровках плато и примыкающей к ним небольшой части водоразделов, где сходятся водораздельные и пойменные леса, остепненные склоны, скальные обнажения. К таковым относятся территории в долине рек Юрюзань, Ай и их притоков.

Наиболее уязвимыми являются участки луговых богаторазнотравных степей, в настоящее время они практически полностью распаханы и сохранились на опушках лесов, на бровках крутосклонов и других неудобьях при отсутствии выпаса. Должны сохраняться абсолютно все участки плакорных луговых степей. Также должны сохраняться петрофитные степи на склонах.

Уязвимыми являются практически все типы старовозрастных коренных лесов. Должны быть защищены все участки лесов, первый ярус лесообразующей породы которых старше 90-100 лет, площадь более 30 га, видовая структура и динамика древесных ярусов близки к естественной. Это широколиственные дубово-кленово-липово-ильмовые и хвойно-широколиственные леса, ивняки и осокорники в долинах рек. Наиболее строгой охране подлежат участки леса без следов антропогенного воздействия.

Уязвимыми являются все участки верховых болот, большая часть которых в исторический период подверглась мелиорации и торфоразработке, а также водно-болотные комплексы в долинах рек.

Мест обитания особых видов экорегионального значения в пределах данной экосекции не обнаружено. Местообитаниями экосекционного значения являются: Сосновский лес - местообитание большого подорлика; Долина р. Кисеик и прилегающие водораздельные леса, часть Верхнекигинского леса - местообитания беркута, филина, могильника; Гора Яршагаз (восточная часть хр.Каратау) - местообитание беркута, черного аиста (Ciconia nigra), могильника, сапсана, серого журавля.