Центральную ось СОПТ экосекции представляет долина р. Ай с притоками, связывающая цепь узловых территорий - очагов биоразнообразия в долине и на прилегающих водораздельных склонах: "Ясиновский участок долины р. Ай (195)", "Старохалиловский участок долины р. Ай (130)", "Гора Гриб (129)", "Ягуновский лес (180)", "Еланлинский лес и участок долины р. Ай (183)", "Урочище Анзяк (133)", "Абдуллинский лес (198)", "Сосновский лес (197)". Практически все эти территории включают фрагменты уязвимых экосистем - старовозрастных хвойно-широколиственных лесов. На плато это "Ягуновский лес", в долине - смешанный лес в пойме р. Ай ("Сосновский лес") и в долине р. Лемазы ("Долина р. Лемазы (134)").

Узловые территории - массивы угрожаемых экосистем распределены по всей территории экосекции, часто являясь изолированными островами в агроландшафте (в первую очередь это касается фрагментов лугово-степных сообществ). Лугово-степные узловые территории - "Гора Гладкая", "Гора Мунчуг (196)", "Долина р. Киги и прилегающие материковые склоны у с. Тугузлы (181)", "Гора Большая Тастуба (120)". Водораздельные широколиственные и хвойно-широколиственные леса - "Дубняки на г. Яшильтюбе (73)", "Верхнекигинский лес (182)", "Гора Яршагаз (восточная часть хр. Каратау) (208)". Болота - "Новобелокатайские болота (72)", "Рухтинские болота (132)", "Озерское болото (124)", "Черношарское болото (126)", "Каракулевское болото (125)", "Лагеревское болото (214)", "Озеро Муллино и комплекс сфагновых болот в карстовых воронках у с.Улькунды (128)". Практически все перечисленные болота - узловые территории, являются также очагами биоразнообразия.

Обширные лесные массивы вторичных хвойно-широколиственных лесов выделены нами как зоны связанности в восточной части экосекции: "Кырлыхановский лес", "Леузинский лес".

В пределах Кунгурско-Айской лесостепной экосекции существуют 1 ландшафтный заказник и 3 памятника природы, причем один из этих памятников - "Гора Янгантау" - входит в территорию ландшафтного заказника "Янгантау", то есть фактически не является самостоятельной ООПТ.

В пределах экосекции утвержденными ООПТ полностью защищена одна узловая территория: "Гора Большая Тастуба" является памятником природы. Около 10% узловой территории "Гора Яршагаз (восточная часть хр. Каратау)" сохраняется в ландшафтном заказнике "Янгантау". Остальные 24 узловые территории экосекции не имеют адекватного природоохранного статуса. Таким образом, 32.202 га узлов экосекции защищено ООПТ на площади 1.299 га (4%).

Кунгурско-Айская лесостепная экосекция имеет два типа зон связанности регионального значения - лесные массивы и долины рек. Лесные массивы обеспечены минимальной защитой в рамках действующего лесного законодательства, в качестве дополнительной меры требуется ограничить возможность строительства дорог с улучшенным покрытием, железных дорог и населенных пунктов, пересекающих данные лесные массивы.

Зоны связанности второго типа в основном совпадают с водоохранными зонами рек. Должны быть подготовлены (обновлены) проекты водоохранных зон, где будут учтены функции зон связанности и минимизирована хозяйственная деятельность в долинах рек. Должны быть запрещены все сплошные рубки леса, любая мелиорация и гидростроительство (кроме противопаводковых мероприятий в границах населенных пунктов).