Узловые территории, наиболее важные для сохранения биоразнообразия экосекции и в целом всего региона, расположены по осевой части хребтов Ирендык и Крыкты: "Хребет Крыкты (1)" и "Хребет Ирендык (43)". В пределах данных узлов расположены очаги биоразнообразия, фрагменты каменистых обнажений на вершинах хребтов, участки высоковозрастных хвойных и смешанных лесов, участки горных степей, известны местообитания балобана, десяти пар беркута, пяти пар могильника, скопы, трех пар филина, двух пар змееяда.

Наиболее ценная и уязвимая территория расположена на юге Ирендыка - "Южная оконечность хребта Ирендык (42)".

На север по оси хребта Крыкты расположена узловая территория "Хребет Куркак (2)", являющийся, по сути, продолжением хребта Крыкты.

Узловые территории восточных расчлененных предгорий: "Хребет Узункыр (242)", "Хребет Сиякликыр (241)", "Гора Мукагир (229)", "Гора Нурали (224)", "Гора Аратау (237)", "Хребет Малый Ирендык (225)", "Гора Агырташ (48)", "Хребет Улучуртай (11)", "Гора Устубиик (239)".

Пойменные болота и водно-болотные комплексы в долинах рек и на побережьях озер: "Озеро Узункуль и прилегающие увалы (243)", "Озеро Суртанды", "Озеро Бурсунды (16)", "Озеро Атавды (12)", "Аслаевский озерно-болотный комплекс (23)", "Суюндуковский водно-болотный комплекс (234)", "Пойма р. Урал у с. Уразаево (236)", "Озеро Якты-Куль (Банное) (7)".

Зоной связанности экосекции восточных хребтов и расчлененных предгорий является "Зауральская лесостепь" - обширный массив, состоящий из мозаики мелколиственных и сосновых лесов, степных участков, как правило, сильно дигрессированных вследствие перевыпаса, старых залежей, озер и водотоков, связывающий узловые территории Башкирского Зауралья.

"Крыкты-Уралтаусская зона связанности" объединяет узловые территории хребтов Крыкты, Уралтау и Крака.

В пределах Экосекции Восточных хребтов и расчлененных предгорий существует 1 заказник и 13 памятников природы, относящихся к сохранению биоразнообразия.

Памятник природы "Озеро Ургун и Ургунский бор" защищает одноименную узловую территорию.

Памятник природы "Гора Куркак хребта Куркак" защищает около 10% узловой территории "Хребет Куркак", Памятники природы "Участок хр.Крыктытау с вершинами Бабай, Кушай и Хандык", "Урочище Хуускан хр.Крыктытау" и заказник "Популяция горицвета весеннего у с.Аскарово" защищают около 10% узловой территории "Хребет Крыкты". Памятники природы "Популяция лука косого на хр.Ирендык", "Водопад Гадельша", "Гора Таган-таш хр.Ирендык", "Гора Кузгун-таш" защищают около 5% узловой территории "Хребет Ирендык". Памятник природы "Западный и южный берег оз.Атавды" защищает около 10% узловой территории "Оз. Атавды".

В 2002 г. приняты постановления Кабинета министров Республики Башкортостан "О резервировании земель для создания ООПТ" (от 1.11.2002), резервирующее узловые территории "Хребет Крыкты" и "Хребет Ирендык", и "О создании историко-археологического и ландшафтного музея-заповедника "Ирендык" (от 29.11.2002), создавшее правовые основания для защиты узловой территории "Южная оконечность хребта Ирендык". Эти постановления вводят ряд существенных ограничений на использование природных территорий, однако они носят скорее промежуточный характер. Пока нельзя уверенно сказать, каким будет окончательный режим природопользования на данных территориях.

Остальные 25 узловых территорий не имеют в своих границах утвержденных ООПТ. Таким образом, в пределах экосекции из 105200 га узловых территорий защищено ООПТ 9738 га (9,3%).

Для сохранения зоны связанности "Зауральская лесостепь" требуется оптимизация пастбищной нагрузки. Должны быть максимально расширены площади пастбищ и сокращены пашни. Не должна сокращаться облесенность территории, для чего необходимо свести к минимуму сплошные рубки леса.

Лесной массив "Крыкты-Уралтаусской зоны связанности" обеспечен минимальной правовой защитой в рамках действующего лесного законодательства. В качестве дополнительной меры требуется ограничить возможность строительства дорог с улучшенным покрытием, железных дорог и населенных пунктов, пересекающих данную территорию.