Экологический каркас лесостепной экосекции Зилаирского плато хорошо сохранился. Это наименее нарушенная лесостепь в пределах Республики Башкортостан.

Очагами биоразнообразия являются долины рек с прилегающими водораздельными склонами и частью водоразделов, хребет Дзяутюбе, передовые складки западного склона Зилаирского плато.

Очаги биоразнообразия экорегионального значения - долины рек Сакмара, Зилаир и хребет Дзяутюбе, образующие в совокупности очаг биоразнообразия общей площадью более 60000 га. Очагами биоразнообразия экосекционного значения являются территории, расположенные в долинах рек Большой и Малый Ик, в долине р. Кана, в долине р. Крепостной Зилаир, в долине р. Узала, в долине верхнего течения р. Зилаир, в долине р. Б. Сурень, в долине р. Касмарка, в долине р. Гадяшка, в передовых складках западного склона Зилаирского плато: Андреевские шиханы, Тазларовские шиханы, Зианчуринская лесостепь.

Уязвимы практически все типы старовозрастных коренных лесов.

Нуждаются в правовой защите все участки светлохвойных лесов, отличающиеся близкой к естественной видовой структурой и оконной динамикой, преобладанием в верхнем ярусе сосны и лиственницы в возрасте свыше 100 лет. Аналогично - и все участки широколиственных лесов, имеющие следующие характеристики: преобладание в верхнем ярусе дуба в возрасте старше 100 лет, площадь более 300 га, близкая к естественной видовая структура и оконная динамика. Наиболее строгой охране подлежат участки леса без следов антропогенного воздействия.

Уязвимыми являются все участки степей на плакорных позициях рельефа, все они должны быть сохранены.

Места обитания особых видов экорегионального значения в пределах данной экосекции сосредоточены в долинах рек Сакмара и Зилаир, где гнездятся сапсан, балобан, беркут, могильник, змееяд, скопа, филин.

Места обитания особых видов экосекционного значения представлены в долине Б. Ика и на Тазларовских шиханах, где обнаружены сапсан, беркут, могильник, змееяд, филин.