Макро-узлом экосекции (и всего юга Республики Башкортостан) являются "Хребет Дзяутюбе (244)", "Долина р. Зилаир (155)" и "Долина р. Сакмара (154)".

Важными узловыми территориями экосекции являются "Большой Ик (156)" и "Малый Ик (157)", представляющие очаги биоразнообразия в долинах рек, фрагменты луговых и каменистых степей, участки старовозрастных широколиственных лесов.

Узловая территория "Долина р. Кана (111)" представляет очаг биоразнообразия экосекционного значения и фрагменты высоковозрастных сосновых лесов на крутосклонах.

Луговые, каменистые и настоящие степи на плакорных позициях рельефа, а так же очаги биоразнообразия представлены следующими узловыми территориями: "Крепостной Зилаир (158)", "Баракал (161)", "Больше-Узалинская лесостепь (162)", "Кусекей-Касмарская лесостепь (151)", "Лесостепь в долине р. Гадяшка (152)", "Зианчуринская лесостепь (146)", "Андреевские шиханы (147)", "Тазларовские шиханы (144)", "Гора Канонникова (148)", "Гора Альян (149)", "Гора Малиновая (150)".

Основной зоной связанности экосекции является массив лесов, луговых и степных сообществ "Зилаирское плато".

В пределах Лесостепной экосекции Зилаирского плато существует один природный парк и три памятника природы.

Узловые территории "Большой Ик", "Малый Ик" на 40% защищены природным парком "Мурадымово". Памятник природы "Гора Шайтан-Тау" защищает около 5% узловой территории "Хребет Дзяутюбе", памятник природы "Пойма р. Сурень в устье р. Азакла (142)" полностью защищает одноименную узловую территорию. Остальные 14 узловых территорий не имеют адекватного природоохранного статуса. Таким образом, в пределах экосекции из 183675 га узловых территорий защищено 39390 га (21,5%).

В пределах данной экосекции ландшафт не имеет антропогенно обусловленных преград и полностью проницаем для соответствующих видов. Зоной связанности регионального значения является весь лесостепной массив. Он обеспечен минимальной защитой в рамках действующего законодательства. В качестве дополнительной меры требуется ограничить возможность строительства новых дорог с улучшенным покрытием, железных дорог, пересекающих лесной массив. Требуется оптимизация пастбищной нагрузки. Должны быть максимально расширены площади пастбищ и сокращены пашни. Должна поддерживаться хотя бы ныне существующая лесистость территории, для этого необходимо свести к минимуму сплошные рубки.